Музей «Городская управа» расположен в здании бывшей городской управы, которое было построено на Базарной площади в 1880 –х годах в духе историзма (памятник истории регионального значения). Первоначально, в здании располагались городской банк и городская управа. На первом этаже управы также размещалась библиотека. С 1919 года здесь располагался уездный исполком, а с начала 1920-х годов — отделение государственного банка. До 1952 года на здании находилась пожарная каланча. Это связано с тем, что Ишим в то время был городом преимущественно деревянным, поэтому на каланче дежурил наблюдатель. Рядом с Управой располагалась пожарная команда, в распоряжении которой находились ручные помпы, бочки с водой на телегах, в которые впрягалась пара лошадей. Здесь же стояли извозчики, поджидавшие пассажиров.
В 1996 году здание передано в пользование музея, до этого в течение 72 лет в нём находилось отделение госбанка. Первоначально планировалось развивать здесь художественное направление музейной работы. Так, в декабре 2001 года здесь состоялась возрождённая выставка «Палитра Ишима», ставшая в дальнейшем ежегодным «смотром» творческих сил художников Приишимья. В залах временных экспозиций проходят персональные выставки ишимских художников и фотографов. В 2010 году открыта экспозиция «Волшебный мир зеркала», которая действовала в течение пяти лет. Но после передачи в 2013 году Ишимской епархии корпуса «Черняковская школа» корпус «Городская управа» был переориентирован на репрезентацию историко-краеведческого направления, которое в концепции развития ИМК получило название «Сибирский форпост России». Здесь уже созданы экспозиции «Наш край в древности», «Московско-Сибирский тракт», «История Ишима в XIX веке» и «Купеческая лавка», «Сибирский валенок». В последние годы здание музея презентовало несколько новых экспозиций, посвящённых Гражданской и Великой Отечественной войне, а также Западно-Сибирскому восстанию 1921 года.
